Kapinėse laidoti pradėta greičiausiai dar XVIII a. Žinoma, kad 1765–1766 m. miestelyje gyveno 240–282 žydai; 1868 m. – jų buvo 1151; 1897 m. – apie 2000.
Šiaurinėje kapinių dalyje 1999 m. buvo pastatytas atminimo paminklas (aut. A. Janušonis) holokausto aukoms su įrašais lietuvių ir hebrajų kalbomis: „Holokausto aukoms atminti. 1941 m. čia buvo nužudyta daugiau kaip 50 Butrimonių žydžių“.
Kapinės aptvertos metaline tvora, įtrauktos į Nekilnojamųjų kultūros vertybių registrą.